ekşi sözlük cpu power

• az birazda nedir bu protein folding biz neyi hesap ediyoruz diye merak ediyorsaniz. aslinda sozluk cpu power olarak yaptiginiz sey, yaklasik 50 yildir bilim adamlarinin hayallerini susleyen bir olayin baslangicidir.
  soyle diyelim proteinler bizim temel yapi tasimizdir, bir protein 3 boyutlu yapisini cikarmak icin bilinen 2 temel teknik vardir 1 tanede yanal teknik vardir , birincisi x ray crystallographydir proteini kristal haline getirisiniz ve x rayini cekersiniz sonra milyon tene algoritma ve atomik folding hesaplamasiyla bu resimden uc boyutlu bir yapi elde edersiniz. ikincisi nmr spektorskopisidir buda benzer bir sekilde proteinlerin 3 boyutlu fotografini cekmeye yarar(biraz temelden anlatiyorum, yoksa acaip bilirim bu konulari ayricana gotluk derecesinde ukalayimdir). fakat her bir proteinin 3 boyutlu yapisinin bulunmasi 5 yillik bir surec , birkac doktora ogrencisi ve birkac milyon dolar etmektedir.
  simdi gelelim bizim ucuncu teknigimize yani in silico protein foldinge. eger bir proteini kodlayan amino asitleri biliyorsaniz arkadaslar, ki bunu su an biliyoruz cunki human genome projesi ve bilimum projelerle bir cok organizmanin genomu aydinlatilmistir yani proteinleri kodlayan dna sekansi bilinmektedir, geriye sadece bu proteinlerin normal fizyolojik kosullarda nesil hareket ettiklerinin hesaplamasina gerir, yani bir cesit 3 boyutlu modelleme gereklidir, ama bu kolay bir sey degildir amino asitlerin kimisi suyu sevmez kimisi streslidir kimisi asitdik kimisi bazikdir, hepsi her an her kosulda bir arada bulunmak istemezler, el ele tutusalim ince bir zincir olalim demezler, hemmen gruplasir bir sekil semal alirlar, bunu hesaplamak icinde bir suru algoritma vede cpu poweri gereklidir.
  simdi laboratuarda proteini kodlayan geni klonlayip, o proteini uretip, saf bir kristal haline getirip, los alamos national labratuarina gidip, siklontronda protonlarin eline vermek yerine, bilgisayar icinde cesitli molecular dynamics, gaussian veya monte karlo denilen algoritmalarla, proteinleri kodlayan amino asitler, nasil bu proteinlerin 3 boyutlu yapisinda vede nerede yer aliyor diyerekten hesaplamak mumkundur.
  
  diyelimki elinizde 100 amino asitin olusturdugu cok cok onemli bir protein var, o proteini islevsiz birakacak bir ilac gelistirirseniz diyelim bi ilac sayesinde insanlar sitmadan olmeyecek yada alzheimer olmayacak, insanlarin hayati kurtulur vede cok zengin olursunuz, paraya para demezsiniz , modelleyecem ulan deyip bunu tek bir bilgisayarda diyelim apple g5 de modellemek yaklasik 100 yildan fazla surebilir.
  soyle dusunun bir laz, bir ingiliz, bir alman bir japon birde dallama fransizi bir olimpik havuza attiniz dediniz ki bunlar burda 1 gun biraksak acaba kim kiminle hangi koordinatta zikisir (bakin cinsiyet felanda vermiyom o bile bir parametre aslinda hesaplamada) havuz icinde. bunun hesabi tahmini modellemesi gorundugu uzere oldukca zordur. iste eksi sozluk cpu poweri olaraktan proteinlerin olasi katlanma yapilarini bulmak icin verdigimiz cpu zamanlari, bu el ele vermis amino asitlerin nasil insulin olarak katlandigini yada nasil serotonin reseptoru olarak katlandigini bulmak icin gerekli inanilmaz hesaplarin yapilmasina yardimci olacaktir.
  
  yani cidden insanliga faydali bir olusumdur. isin guzel yani nedir? bu isin amaci 3 boyutlu protein yapilarini bulmakdir, bunlar aydinlatilinca her proteine ozel bir ligand bulunup proteinlere ozel ilaclar uretilebilecektir, bu hastaliklarin onlenmesinde ve iyilestirilmesinde bir devrim niteligindedir, sponsorlar ilac sirketleri bu nimetlerden, hazir protein yapisina gore ilac uraterek ne kadar kar eder, ne kadar koseyi doner o zaten bellidir, o yuzden sponsor olurlar destek cikarlar severekten boyle bir olusuma, ama onemli olan bu degildir onemli olan ilacin uretilmesidir, insanlarin sagliginin duzelmesidir. ben labimdaki bilgisayarlara indirdim, bos gecen bissuru cpu zamanini veriyorum hesapliyor makina, yanliz laptoplarda cok isinma yapiyor laptoplara kurmak riskli gibi sanki.